این معاونت به طور مستقل و زیر نظر مدیر بنیاد استان فعالیت می کند. مسئول این معاونت دارای مدرک دکتری بوده و خود از علاقمندان به فعالیت در این حوزه می باشد .
معاونت تحقیقات و پژوهش با رویکرد پژوهشی و در چارچوب آئین نامه های مدون مراکز علمی تحقیقی و پژوهشی فعالیت می نماید .
معاونت تحقیقات و پژوهش دفتر بنیاد استان با دعوت از اساتید حوزه و دانشگاه ، تشکیل کارگروههای تخصصی را در راس کار خود قرار داده و ماموریت این معاونت تصویب عناوین طرح های پژوهشی، داوری مقالات رسیده ، کارشناسی برآیند و تأثیرگذاری مقالات ، برگزاری همایش های علمی و پژوهشی ، چاپ مجله و دیگر امور پژوهشی می باشد .